As sociedades cooperativas não tem objetivo de lucro, portanto, não há incidência de Imposto de Renda. Numa cooperativa de trabalho o cooperado é tratado pela Previdência Social como um contribuinte individual e deve contribuir como tal, assim como deve também ter seu registro na Prefeitura para que contribua com o seu ISS. A partir de março de 2.000, conforme a lei 9876 de 26.11.99, as cooperativas que contratam as Cooperativas de Trabalho e de Saúde serão responsáveis pelo recolhimento de 15% à Previdência Social sobre o valor da fatura ou da nota fiscal de prestação de serviços. Quanto ao PIS/COFINS a Lei Complementar 70/91 que isentava as cooperativas desta contribuição foi revogada através da primeira medida provisória 1858-10/99 taxando as cooperativas em 3,65% de PIS e COFINS sobre o seu faturamento, e o artigo 15 desta medida exclui da base de cálculo algumas atividades das cooperativas, principalmente as de produtores rurais, mais conhecidas como as Cooperativas Agropecuárias. Portanto, embora inconstitucional este tributo tem sido imposto às Cooperativas e nossa orientação é que questionem esta cobrança na Justiça.